Génomique environnementale des protistes marins : l’ADN environnemental comme marqueur des effets des changements de l’écosystème côtier sur les dynamiques

des communautés et des espèces

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ROME : un Réseau d’Observatoires pour la recherche en Microbiologie Environnementale intégrée

Raffaele Siano

Chercheur en écologie moléculaire des protistes marins (DYNECO/Pelagos)

Réfèrent  thématique « Microbiologie et Environnement Côtier »  (Direction Scientifique)

Ifremer – Centre de Brest

"L’analyse de l’ADN environnemental (ADNe) associée au développement des techniques de séquençage massif a été une vraie révolution pour les études d’écologie et de diversité microbienne. Depuis une vingtaine d’années, de nombreuses études ont montré sa validité et son intérêt scientifique. Ainsi, les analyses des communautés microbiennes complexes, des interactions biologiques et des dynamiques des espèces à différentes échelles spatiales et temporelles sont aujourd’hui plus abordables que jamais. La recherche académique classique sur l’ADNe est ainsi aujourd’hui bien développée et il est maintenant possible de mener une réflexion au niveau national et international sur l’utilisation de l’ADNe pour des recherches plus appliquées et pour répondre à des questions sociétales et/ou d’intérêts publics. 

Au cours de la première partie de ma présentation, je montrerai des exemples d’utilisation de l’ADNe pour répondre à différentes questions d’écologie des protistes (eucaryotes unicellulaires). Les thématiques abordées seront: i) l’analyse de patrons globaux de structuration des communautés ; ii) les liens entre diversité fonctionnelle et diversité taxinomique ; iii) le rôle des bactéries et des parasites sur la dynamique des microalgues toxiques ; iv) la structuration des communautés et la distribution des espèces par rapport aux forçages physiques de l’écosystème côtier ; v) les changements de communautés de protistes à l’échelle pluriséculaires (paléogénétique).

La deuxième partie de ma présentation sera consacrée à la présentation du projet du Réseau d’Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée (ROME) en cours de montage en France metropolitaine. Ce réseau permettra l’analyse du microbiome de l’écosystème côtier à l’interface terre-mer et l’évaluation des impacts des bassins versants sur les eaux littorales de la France, du large ainsi que sur les bivalves en conchyliculture. ROME, complémentaire aux réseaux existants de l’Ifremer, intègre l’analyse de l’ADNe et de l’ARNe et sera mis en place à la fois pour la recherche scientifique, mais aussi comme un dispositif potentiel pour répondre à des questions d’appui à la politique publique."